Via sublime - você não pode.
Mas você está no Ubuntu, então porque não usar cron ? Adicione o seguinte script (por exemplo, clean_sublime_backups ) a /etc/cron.daily :
#!/bin/bash
ls -t /home/YOURUSERNAME/.config/sublime-text-2/Backup/ | sed '1,5d' | xargs rm -r
Depois, chmod 755 /etc/cron.daily/clean_sublime_backups . Para alterar o número de backups restantes, modifique a '1,5d' part como '1,YOURNUMBERd' . Os backups serão limpos todos os dias.