Acabei de realizar a atualização do kernel como parte da atualização regular do sistema. Como normalmente nas atualizações anteriores do kernel, eu tive que instalar os cabeçalhos do kernel e recompilar os drivers do VirtualBox. Esse processo funcionou normalmente e o VirtualBox pode ser iniciado, mas ele tenta executar a máquina virtual. Quando faço backup para 3.5.0-37 (usando o menu GRUB e recompilo drivers do VirtualBox), ele retorna ao estado de trabalho.
A string de versão de uname -a após a atualização é 3.5.0-39-generic #60-Ubuntu SMP Tue Aug 13 18:33:05 UTC 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux e meu sistema é um laptop Lenovo W520 que já roda o Ubuntu / VirtualBox há alguns anos.
Existe alguém com esse problema e encontrou uma solução?
Tente instalar linux-headers e dkms em sua versão do kernel:
sudo aptitude install linux-headers-3.5.0-39-generic dkms
e não esqueça de fazer isso para incluir o driver no kernel:
sudo /etc/init.d/vboxdrv setup
Verifique também se o grupo vboxusers está ativado no seu grupo de nome de usuário.
Espero que tudo isso possa ajudar você. Eu tenho a mesma versão do kernel que o seu, e o VirtualBox funciona perfeitamente ...