Eu tenho o mesmo problema em um laptop com uma resolução de 1366 × 768. Aqui está o relatório de bug relacionado ao Launchpad: link .
Depois de testar esse problema com um monitor externo com uma resolução mais alta, descobri que o problema é que, no Ubuntu 13.10, a sobreposição de atalhos ficou muito grande para caber em telas com uma resolução vertical de 768 ou menos (a sobreposição aparece em telas com uma resolução maior).
Além disso, se você desativar os espaços de trabalho (nas configurações de aparência), a sobreposição de atalhos deve começar a funcionar (porque se torna menor).
Então, você provavelmente está usando um laptop ou um monitor com baixa resolução (mas, no entanto, é um bug que precisa ser corrigido).