Este foi realmente um bug que foi relatado no launchpad.net, foi confirmado pela equipe do Ubuntu e posteriormente corrigido.
Você pode ver o histórico deste bug aqui:
Isso acontece em 11.04 e 11.0. Eu li em algum lugar que esses aplicativos estão "na lista negra" para explicitamente não usar barras de rolagem de sobreposição, mas por quê?
EDIT (17 de setembro): Agora, o Gerenciador de Atualizações foi colocado na lista de permissões e usa barras de rolagem de sobreposição ( veja esta revisão ). O Synaptic ainda está na lista negra.
Este foi realmente um bug que foi relatado no launchpad.net, foi confirmado pela equipe do Ubuntu e posteriormente corrigido.
Você pode ver o histórico deste bug aqui:
Possivelmente tem a ver com o fato de que eles são aplicativos que exigem acesso root. Se você executar o synaptic sem privilégios administrativos, o synaptic se juntará ao appmenu. Se você executá-lo com privilégios de administrador, não será. Meu palpite é que essas partes do framework Ayatana requerem comunicação D-Bus do aplicativo para o shell e para trás. No entanto, a comunicação do System-Bus para o Session-Bus parece ser problemática.