Este é o erro da Debian # 695225 - Não há suporte para o mp4 no Handbrake . Existe um PPA com uma versão fixa do Handbrake, consulte Handbrake Releases PPA . Para permitir isso:
sudo apt-get purge handbrake # remove any old versions
sudo add-apt-repository ppa:stebbins/handbrake-releases
sudo apt-get update
sudo apt-get install handbrake-gtk
Para que o formato mp4 funcione, você deve entrar em preferências e desabilitar a caixa de seleção "ipod friendly mkv format".
handbrake-gtk
também disponível em apps.ubuntu