IMHO isso é um bug no Unity. A última janela usada em um grupo de aplicativos deve ser a que foi levantada e com foco quando eu voltar a este grupo, clicando no botão no launcher
Eu não vou reportar mais bugs unitários da UI, no entanto, dado o tratamento que as deficiências óbvias da UI no Unity são dadas: veja este por exemplo
Eu mudei para terminador : problema resolvido