numpy está instalado globalmente em seu sistema, portanto, é ok que virtualenv não consiga encontrá-lo (a menos que você tenha especificado a opção --system-site-packages ).
O problema com pip install numpy pode vir da combinação desatualizada pip e virtualenv . Verifique as versões de suas ferramentas e tente recriá-las com virtualenv 1.11.6 (que inclui pip 1.5.6 ). Se o problema persistir, denuncie o erro em virtualenv tracker .