As configurações de proxy em todo o sistema são apenas outro local consolidado para configurações de proxy. Na verdade, modifica os locais onde os arquivos de configuração dos diferentes aplicativos. Você já reparou, configuração de proxy do sistema pede senha 2 vezes? Isto é principalmente devido à modificação de dois arquivos admin que correspondem ao arquivo de configuração.
E sim, de 10.10 e 11.10, alguns aplicativos foram deixados fora do sistema de configuração de proxy mais notável entre eles é o synaptic.
e, além disso, os aplicativos podem ignorar a configuração de todo o sistema e fazer uso de sua própria configuração novamente com os synaptics mais notáveis e o Mozilla Firefox (que também contém a opção de configurações do sistema).