Você pode marcar a caixa de alerta uma vez e não perguntar novamente.
Chegado a Ferramentas - > Preferências - > Avançado - > Padrões do Sistema
Certifique-se de que a opção "Sempre verifique se o Firefox é o navegador padrão na inicialização" está desmarcada. E se você quiser que o Firefox seja o padrão, basta clicar em "Tornar o Firefox o navegador padrão"
Espero que isso ajude você a evitar alertas.