De Wine wiki
Segurança
Devido à capacidade do Wine de executar o código binário do Windows, as preocupações foi levantada sobre vírus nativos do Windows e malware afetando Sistemas operacionais semelhantes a Unix O Wine pode executar muito malware, mas programas em execução no Wine são confinados ao usuário atual Privilégios , restringindo algumas conseqüências indesejáveis. Isso é um razão O vinho nunca deve ser executado como o superusuário .
O que basicamente significa que você nunca deve usar vinho com privilégios su ou Sudo . E fique tranquilo, você está protegido contra o Windows Malware, já que ele é executado principalmente como Camada de compatibilidade mais ou menos como emulador, mas não totalmente eu acho.