Eu enfrentei o mesmo problema com o Ubuntu Gnome 13.04. Meu laptop usa uma placa gráfica ATI Radeon. A tela do laptop é executada na resolução de 1980x1080 e eu tenho uma tela Dell 1980x1200 conectada através da porta HDMI. Esta manhã, instalei o driver de exibição proprietário fglrx e resolvi o problema. Eu recebo a tela de login de resolução completa agora e o laptop tem funcionado 15 o cooler desde então! Você pode tentar isso e ver se funciona para você.