basexserver é um script bash. Em vez de chamar o script bash fornecido, você deve traduzi-lo para o trabalho do Upstart. O artigo EVENTING UPSTART lhe dará boas idéias sobre como fazê-lo.
Eu começaria a criar o trabalho do Upstart com uma simples sub-rotina Upstart exec java -cp BaseX.jar org.basex.BaseXServer
. Veja Iniciando processos java com o Upstart para mais detalhes.