Você não precisa e não precisa removê-lo para usar outro gerenciador de arquivos.
Não sei se você pode removê-lo do seu sistema sem quebrar nada, talvez a melhor opção seja simplesmente instalar outro gerenciador de arquivos de sua escolha e usá-lo em seu lugar?
Instale outro que você queira usar, por exemplo: dolphin, e substitua-o como seu manipulador de arquivos padrão usando dconf-editor
.
Outra opção boa e fácil para isso é editar /usr/local/bin/nautilus
e substituir as linhas
#!/bin/bash
/usr/bin/Nautilus $@
com
#!/bin/bash
/usr/bin/foo_filemanager $@
dessa forma, toda vez que um processo solicitar o Nautilus, ele chamará seu novo gerenciador de arquivos.