O que você instalou é a versão -server do Ubuntu. Aquele não vem com um desktop, mas você pode adicionar software nele (como um desktop), conforme instruído no link que você postou. É comum ter a versão do servidor em um host da web, já que a maioria só quer usar SQL e um servidor da Web (e esses não requerem um desktop).
Se você instalar o -desktop-version, todas as coisas que você instalou manualmente também seriam instaladas (ou seja, ubuntu-desktop).
VNC é separado embora; você ainda precisa instalar isso sozinho.