Consegui restaurar o Windows 8.1.1 para o menu de inicialização após restaurar o MBR. Eu iniciei a partir de um USB ao vivo com Boot-Repair-Disk nele, usei o Gparted para verificar os discos, então de alguma forma encontrei uma maneira (não me lembro das ações, pelas quais peço desculpas) para inicializar no Windows. Em seguida, usei o EasyBCD para tornar o Windows a opção padrão e reiniciei, o que restaurou o menu de inicialização do MBR com o Windows na opção padrão e o Ubuntu listado como a segunda opção.
Acho que o aplicativo que realmente me ajudou a RESTAURAR O MBR foi o Grub Customizer.