Quando você instalou o 13.04, ele reinstalou o gerenciador de inicialização do Grub no MBR da unidade e isso está apontando para a instalação do 13.04, não para a instalação do 12.04. Você ainda pode inicializar a instalação do 12.04, mas não será o primeiro da lista.
Portanto, todas as suas personalizações na instalação do 12.04 não são levadas em consideração. Você pode corrigir isso inicializando sua instalação do 12.04 e reinstalando o grub:
sudo grub-install /dev/sda
Isso colocará o 12.04 de volta como responsável pela inicialização (o carregador de boot do Grub carregará os módulos e a configuração de 12.04) e você verá a instalação do 12.04 no topo do menu do Grub novamente.