Se esses arquivos NÃO estiverem em / var / www / e fizerem parte do sistema, então sim, você deve usar a linha de comando e algo como nano ou vi com o sudo na frente.
Se parte do LAMP, por exemplo, eles estão em / var / www / aconselho a alterar esses arquivos para o usuário padrão do apache (ou www-data) e adicionar-se ao grupo do qual esse usuário faz parte. Não há necessidade de usar o usuário root para isso.
E a permissão group é o que você está procurando. Se você adicionar usuários a um grupo, eles poderão editar arquivos como se fossem o usuário. Nós temos um grupo "develope (r)" onde "apache" e todos os usuários de nossa empresa fazem parte. Podemos editar do Windows através dos arquivos de rede que estão em um servidor Ubuntu sem problemas.
Mais informações sobre grupos: