Eu tive um problema semelhante. Eu pressionaria Ctrl + Alt e o computador seria reiniciado (com uma mensagem que Ctrl + Alt + Del foi pressionado). Então notei que o problema é com a tecla Ctrl - no terminal, quando eu pressionava apenas a tecla esquerda Ctrl , ela emitia às vezes, por exemplo, "5 ~; 5 ~" outras vezes continuaria imprimindo "-----------" ou "vvvvvvvvvvvvvvvvvv". A saída no terminal sem X era diferente e também um pouco errática.
Isso começou a acontecer depois que eu atualizei para o 13.04. Eu também tinha o recurso "locate mouse pointer" ativado em uma das versões anteriores do Ubuntu e do Gnome - ele renderizava círculos vermelhos / marrons ao redor do ponteiro do mouse quando você pressionava a tecla esquerda Ctrl . Depois de desativar esse recurso [1], o problema parece ter desaparecido.
[1] Onde está "Mostrar posição do mouse quando a tecla Control é pressionada"