Você pode compor com Tuxguitar e MuseScore , por exemplo, mas estes são para escrever notação, e então tocá-los como MIDI. No entanto, você tem que escrever a anotação, eles não farão isso por você.
Para guitarras eu recomendo o Tuxgitar porque ele tem tablaturas, mas para todo o resto eu recomendo o MuseScore.
Ambos os softwares estão disponíveis no Ubuntu, você só precisa instalá-los através do gerenciador de pacotes.