Estou usando o Ubuntu 13.04 (embora tenha tido o mesmo problema em 12.10) e estou executando o Samba com alguns compartilhamentos configurados para que eu possa executar algumas ferramentas do Windows (.exes) diretamente dos compartilhamentos. Todos os computadores com Windows que eu tentei executar os programas do compartilhamento dão um erro de permissão.
Os compartilhamentos são somente leitura, têm acesso de convidado e são criados simplesmente através da guia "Compartilhar" das propriedades do Nautilus. Se eu marcar a caixa "Permitir que outros criem e excluam arquivos nesta pasta", eles poderão executar bem, mas isso não é o ideal. Não há problema em ler qualquer outro tipo de arquivo ou mesmo copiar os .exes para um local temporário na máquina Windows e executá-lo. Alterar o bit executável não faz diferença (desesperado!).
Obrigado.