Estou assumindo que você está usando a versão 2.77 da transmissão. Eu tive o mesmo problema. A transmissão estava perdendo as preferências toda vez que eu comecei. Eu não estou usando nenhuma extensão, no entanto. Eu consegui contornar a perda das preferências indo para ~ / .config / Transmission e realmente editando o arquivo settings.json manualmente. Eu simplesmente abri meu arquivo usando o gedit e mudei minhas configurações lá e salvei. Depois de fazer isso, quando abro a Transmissão, todas as minhas configurações são salvas. Espero que isso funcione para você. Eu suspeito que isso seja um bug de algum tipo ...