Você pode acessar o arquivo através de ls -l /proc/<PID>/fd/*
(perigoso) e, depois de determinar o número fd, truncá-lo com truncate /proc/<PID>/fd/<fd> --size 0
(ainda mais perigoso). Essa é a alternativa para reiniciar ou matar o processo. No entanto, é difícil dizer o que acontecerá com as gravações subseqüentes em um arquivo mutilado.
O que você realmente deve fazer é descobrir o que está escrevendo para esse arquivo e por que e tomar as medidas necessárias para impedir que isso aconteça. Mesmo ignorando problemas de armazenamento, a gravação de logs de depuração é cara e prejudica o desempenho. Assim, você deve encontrar a causa raiz.