Não, você pode excluir com segurança as pastas. No entanto, as pastas com um bloqueio nelas não podem ser excluídas ao mover para a lixeira.
Ligue um terminal e insira o seguinte para se tornar root:
sudo nautilus
e repita a pesquisa e exclua os arquivos do thunderbird.
UPDATE
Antes de 13.04, tente gksu
em vez de sudo
.