Existem 2 pequenas "falhas" para o Windows. (não falhas do Linux).
1.) O instalador do Windows 7 só quer partições ntfs (você tem partição de inicialização em FAT32?)
2.) O windows-installer do Windows 7 só quer que o Windows 7 aposte na primeira partição (boot-partition) do seu disco rígido.
Mais tarde, se você quiser, o Windows deve estar por padrão na primeira linha da lista de inicialização no grub, você pode ler isto aqui:
Como faço para definir o Windows para inicializar como o padrão no gerenciador de inicialização?