Você pode desativar as notificações do painel de controle do Ubuntu One. Dependendo da sua versão, isso está na guia Dispositivos ou na guia Configurações.
Se estiver usando o antigo painel de controle baseado em GTK, ele estará na guia Dispositivos:
Se você estiver usando o novo painel de controle baseado em QT, ele estará na guia Configurações: