Finalmente encontrei a solução!
Está na resposta desta pergunta Como alterar a resolução da tela de login do gdm
Eu tenho o Ubuntu 12.10 com o Unity removido e instalado o desktop Gnome 3.
Quando ligo o PC pela primeira vez e o Gnome carrega a tela de login, é meio que de lado não no centro. Eu posso ver algo, mas não tudo.
Se eu fizer login e sair novamente, a tela de login estará OK, mas não funcionará depois de ligar o PC pela primeira vez ou depois de fechar a tela do notebook.
Recentemente eu estava tentando instalar drivers ATI originais em vez de FGLRX, mas não funcionou, então eu instalei o FGLRX de volta, isso pode ser o problema, mas não tenho certeza.
Como consertá-lo para que eu possa fazer o login normalmente, como antes? :)
Finalmente encontrei a solução!
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