Aqui está uma linha para o seu /etc/X11/org.conf que funcionou para mim tirada deste post .... askubuntu-link No meu caso particular, eu tive que mexer com os números de viewport para faça tudo certo. A parte mais relevante é a parte {ViewPoutOut ...... Se você adicionar isso à sua modeline e mudar os números relevantes, então mexa com as compensações, você deve ficar bem.
Option "metamodes" "DFP-0: nvidia-auto-select +0+0, DFP-1: 1920x1080 { ViewPortOut=1820x1020+50+30, ViewPortIn=1920x1080 } +1600+0"
Algo como isto adicionado ao final do seu xorg.conf pode ser um bom lugar para começar:
Option "metamodes" "DVI-0: 1368x768 { ViewPortOut=1350x758+20+20, ViewPortIn=1368x768 }"