Você poderia estar ficando sem RAM? Eu gosto de ser um pouco de derp às vezes, então uma vez eu escrevi um programa que cria um grande vazamento de memória. Eu estava monitorando o uso da CPU e o uso de RAM do sistema constantemente. Quando o sistema começa a trocar, ele pára. Mesmo que eu tenha um SSD, isso não dá a velocidade da RAM.
Meu uso da CPU foi de 10%, mas o uso da RAM foi o ponto onde se o kernel dered, um pânico do kernel teria prevalecido.
Quando o kernel chamou o SIGKILL no meu aplicativo e o finalizou, o Unity tornou-se suave novamente imediatamente.
Quando estava com esse problema de congelamento, levaria 30 segundos para eu trocar de janelas.
Se você tem mais de 4 GB de RAM, é bom. 2GB ou menos podem ser bastante inutilizáveis porque as versões mais recentes do Ubuntu consomem RAM com todos os recursos que vêm com a caixa.
Outra possibilidade é que você pode ter uma GPU frágil. O Unity usa um monte de OpenGL, então uma boa placa gráfica é uma necessidade. Se este problema persistir, tente Lubuntu. Se você continuar tendo esse problema, as especificações do seu computador não são boas o suficiente para o Ubuntu.
Eu mesmo tenho um i3, 6GB de RAM e HD 3000 GPU, então a maioria dos computadores mais recentes tem especificações maiores!