Sua suposição está correta - como é seu exemplo. A consolidação pode ser feita e as fontes geralmente são definidas dessa maneira.
Até agora, a única razão que me veio à mente para dividi-los é que universo e multiverso são repositórios bastante grandes que demoram a ser atualizados e influenciam o tamanho do banco de dados resultante - e, portanto, o risco é quebrado. Se você tem linhas simples, é fácil comentar:))Alguém poderia pensar que isso não faz uma grande diferença. Mas uma vez que você começa a automatizar uma infra-estrutura, as ferramentas de automação tendem a fazer muito o apt-get update e faz sentido reduzir esse tempo se os pacotes envolvidos não forem necessários.
Mas, além disso, só consigo pensar em uma melhor segmentação de documentação no arquivo sources.list original:))