Você deve usar um xorg.conf modificado, onde você insere suas duas GPUs como "Seção" Dispositivo "" e então vincula as exibições via "Seção" Monitor "" e "Seção" da tela "" às diferentes GPUs. Para mais informações eu recomendo este artigo ( link ) que deve funcionar para o Ubuntu também, você só precisa mudar o Seção "Entrada" para que você não obtenha um assento multi "real". E em vez da seção fornecida "ServerFlags" eu usaria algo como:
Seção "ServerLayout"
Identifier "MainDisplay"
Screen "screen0" 0 0 for your first display, depending on how you named the section
Screen "screen1" 0 1 #for your second display, depending on how you named the section
InputDevice "mouse0" "CorePointer" #change it to your mouse identifier
InputDevice "keyboard0" "CoreKeyboard" #change it to your keyboard identifier
Option "Clone" "off"
EndSection
Você deve, em vez de criar um novo xorg.conf, editar um gerado automaticamente.