Se você usar o pen drive apenas com o LINUX, sugiro reformatar e usar ext2 ou ext4.
Se você usá-lo com o Windows, você pode usar gordura, use esta entrada no fstab
/dev/something /mnt/something noauto,users,uid=1000,gid=100,dmask=0000,fmask=0000,utf8 0 0
você pode alterar o uid ou gid se desejar.