Parece que o Firefox não consegue encontrar alguns arquivos para a integração de Webapps no Unity. Na minha máquina (Ubuntu 12.10 64 Bits também), esses scripts estão localizados em /usr/share/unity-webapps/userscripts , sua instalação está procurando por eles em /usr/local/share/unity-webapps/userscripts . Em outros lugares, também li sobre caminhos como /usr/share/gnome/unity-webapps/userscripts . Minha suposição é que, no decorrer do desenvolvimento, esse caminho foi alterado e sua instalação não está usando a mesma versão do caminho em todos os lugares.
O pacote responsável pela integração é xul-ext-websites-integration . Talvez este pacote, por uma razão ou outra, não esteja na versão correta em relação ao seu pacote do Firefox e precise ser atualizado? A versão na minha máquina é 2.3.5-0ubuntu1. Pode ajudar se você reinstalar esse pacote.
Outra possibilidade pode ser desinstalar esse pacote. Mas é uma dependência de xul-ext-unity , então você precisaria desinstalar isso também, e provavelmente perderia toda a integração do Firefox no Unity. Então, eu faria isso apenas como último recurso.