Como Donarsson apontou em seu comentário, acho que você só precisa atualizar. O Ubuntu Tweak funciona bem para mim em 13.04.
Em um terminal, digite estes comandos:
sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
Sempre que eu uso o janitor do Ubuntu tweak para limpar caches e eu seleciono todos os arquivos que eu quero deletar e clico em "clean" nada acontece. (Veja a imagem abaixo) Isso só começou desde que eu atualizei de 12,10 para 13,04.
Como Donarsson apontou em seu comentário, acho que você só precisa atualizar. O Ubuntu Tweak funciona bem para mim em 13.04.
Em um terminal, digite estes comandos:
sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade