O pacote mysql-common não inclui nenhum cliente nem binários do servidor. É um módulo contendo as bibliotecas e módulos para o php5-mysql trabalhar. Não deve ser um problema para você instalar o php5 ou o php5-mysql com essa dependência, já que isso não interferirá na sua versão manual instalada do mysql-5.6 (se você o fez como recomendado em / opt ou / usr / local / ...) PHP5 irá se conectar contra o DB apenas OK. É como usar um binário do mysql-client um pouco mais antigo que o servidor real.
Se você tiver problemas com essa configuração, você terá que construir um módulo php-mysql com ligações 5.6 você mesmo.