Não está totalmente claro qual é a sua pergunta. No entanto, se você quiser "organizar ícones da área de trabalho" (ou seja, em uma grade) a partir da linha de comando, isso provavelmente dependerá do sabor e da versão do Ubuntu que você usa, pois eles usam gerenciadores diferentes.
Existe uma questão semelhante aqui sem resposta. No entanto, há muita discussão aqui com algumas respostas muito boas, incluindo um script perl customizado que parece fazer exatamente isso.