Talvez o Ubuntu esteja simplesmente vendo-os como chaves normais. Se sim, então você poderia remapear.
Veja se isso ajuda: Remapeando as teclas do teclado
Estou usando um Dell Inspiron 1470, e desde que atualizei para o 13.04, nenhuma das chaves Fn estão funcionando, exceto o brilho e o WiFi.
Talvez o Ubuntu esteja simplesmente vendo-os como chaves normais. Se sim, então você poderia remapear.
Veja se isso ajuda: Remapeando as teclas do teclado
Ontem, tenho o mesmo problema no Dell Inspirion 15r SE com o Ubuntu 14.04. Após a reinicialização, as teclas de função funcionam bem.