Depois que o Virtualbox parou de funcionar novamente, encontrei uma correção mais permanente em Super Usuário . Os comandos abaixo instalam os cabeçalhos mais recentes. O último atualiza o Virtualbox com as novas informações.
sudo apt-get update
apt-cache search linux-headers-$(uname -r)
sudo apt-get install linux-headers-$(uname -r)
sudo ./etc/init.d/vboxdrv setup