Como uma solução temporária, ou seja, para evitar ícones de script idênticos (na falta de uma maneira de desabilitar a exibição de ícones) ícones diferentes e mais relevantes podem ser definidos para Scripts do Nautilus usando este padrão de comando:
gvfs-set-attribute -t string "<Your-Nautilus-Script-File-Path>" metadata::custom-icon file:///usr/share/icons/<Your-Coice-of-Individual-Icon>
Nota: Outro truque para se livrar desses ícones pode ser atribuir ícones inexistentes, nos quais nenhum ícone é exibido no menu Scripts!