Se Alt + SysRq R - E - I - S - U - B não está funcionando e você tem certeza que está fazendo corretamente e não há atividade no disco rígido - então eu desliguei antes sem problemas.
Mas se você estiver executando uma instalação do Wubi com um Windows quebrado e não tiver dados sincronizados atuais - você está tendo muitas chances com esses dados. Quando você tem serviços gratuitos de armazenamento baseados na nuvem, como o Ubuntu One, o Google Drive, o Mega.co.nz (?), O DropBox e outros, não há motivo para não ter backups.