Eu tive problemas semelhantes no meu pc Eu tinha portas 2.0 e 3.0 portas todas as portas 2.0 funcionam perfeitamente, eu sou capaz de receber energia de minhas portas 3.0, esse problema persistiu quando eu ad 7 windows, Ubuntu 12.04 e 13.04 , Eu não tive muita sorte em fazê-lo funcionar.
Uma dica que me deparei é que ele precisa ser ativado na BIOS, eu tentei isso com o meu ASUS P8-z68 V MOBO. mas ainda estou tendo problemas, acho que posso ter que atualizar bios, recomendo que você tente e procure em BIOs sob Avançado e veja se existe uma opção para usb 3.0.
Desculpe, não posso mais ajudar.