O perfil da minha esposa estava fazendo algo muito similar (a resolução era menor do que deveria ser e não consegui consertar as configurações do sistema). Eu executei rm ~/.config/monitors.xml e entrei e voltei e ele foi corrigido.
Eu não vi nenhum efeito negativo, mas se você decidir fazer isso, ele pode embaralhar outra coisa. Eu não sei o que mais poderia usar este arquivo.