apt-get
NÃO considerará pacotes "sugeridos" como atualizações, enquanto o Update Manager o faz. O Gerenciador de Atualizações também inclui pacotes que apt-get
só instalariam / atualizariam com dist-upgrade
. Além disso, acredito que o Update Manager mantém seu próprio cache de pacotes, que é atualizado automaticamente diariamente e, portanto, nem sempre pode ser sincronizado com o cache de pacotes do APT.
Para verificar realmente se você está perdendo atualizações, verifique a versão das atualizações não recomendadas que o Update-Manager deseja que você instale e, em seguida, faça um dpkg --list | grep -i packagename
para descobrir qual versão do pacote está realmente instalado no seu sistema.