Você tem um arquivo .desktop para seu aplicativo e ele corresponde ao nome do aplicativo? Você deve ver, ao iniciá-lo no dispositivo a partir do QtCreator, uma linha como esta no painel de saída do aplicativo:
qmlscene <app>.qml --desktop_file_hint=/home/phablet/<app>/<app>.desktop
Se você não tiver um arquivo .desktop que corresponda ao que está sendo transmitido para --desktop_file_hint, o Touch shell não saberá o suficiente sobre a janela que seu aplicativo está criando para gerenciá-lo corretamente.