Dê uma olhada na minha resposta aqui: link
PS: Eu sei que essa é uma pergunta bem antiga, mas desde que levei alguns anos para descobrir os detalhes de como usar o apt com um proxy, é possível que uma resposta ainda seja bem-vinda.
Estou tentando fazer com que um gerenciador de pacotes trabalhe por trás do proxy de nossa empresa por um dia inteiro agora, mas sem sorte. O proxy requer autenticação, que é o meu endereço de e-mail pessoal e senha. Eu tentei quase tudo que eu conseguia pensar sem sorte: da edição /etc/apt/apt.conf com Acquire::http::Proxy "http://user:pass@proxy:port/"; usando simplesmente meu nome de usuário, eu tentei escapar do "@" mas sem sorte. O navegador funciona bem, mas eu realmente não preciso de um navegador. O administrador do sistema me desejou boa sorte e isso praticamente resume sua ajuda. Então, se alguém puder ajudar, eu realmente realmente apreciaria isso.