Embora apt-get install marque os pacotes como instalados também, ele faz outras coisas como atualizar pacotes (se houver uma atualização disponível). O programa correto para alterar os estados instalados automaticamente é apt-mark .
Uso
Marcando um pacote como instalado manualmente (de modo que ele não seja removido por apt-get autoremove ):
sudo apt-mark manual package1 package2 ... packageN
Para marcar um pacote como instalado automaticamente (de forma que ele seja removido por apt-get autoremove se nenhum pacote depender dele):
sudo apt-mark auto package1 package2 ... packageN
Mais detalhes estão disponíveis na página de manual apt-mark (8) .