Digite Ctrl-Alt-T e um terminal será aberto. É aqui que você pode digitar comandos.
Para que você possa digitar skype ou vlc , o bom truque é digitar apenas algumas letras e pressionar tab key . Isso exibirá todos os comandos que começam com essas letras.
Há um começo rápido para você;)
PS: Digite nohup skype e a janela do terminal permitirá que você digite mais comandos, mas esta é uma solução temporária, você precisa obter um tutorial sobre como adicionar menus