Eu também enfrentei o mesmo problema no meu laptop antigo. O Unity 2D (12.04) funcionou bem e o Unity (desde 12.10) não está funcionando agora. AFAIK, Unity é baseado em operações gráficas 3D e pode causar esses problemas. Portanto, parece estar relacionado à minha antiga placa gráfica. Eu não investiguei ainda mais se isso poderia ser resolvido instalando alguns drivers mais novos (baseados no Radeon R200) porque eu instalei o Gnome Classic (sem efeitos) que funciona bem.
sudo apt-get install gnome-session-fallback
Por favor, tome isso como uma dica. Talvez o problema esteja em outro lugar. Você também pode tentar instalar o 12.04 primeiro para ver se funciona melhor.