A inicialização com o usb é muito problemática.
Desative o disco rígido no menu de inicialização, não tenho certeza se isso irá desativá-lo. Se assim for, coloque-o abaixo da lista, usando o boot pela primeira vez. Meu laptop trava sempre que há um usb.
Você pode ter que instalar um gerenciador de inicialização em sua unidade principal e depois que o POST estiver limpo no usb, selecione boot do ubuntu de onde a unidade externa está localizada no gerenciador de inicialização.