Tenho certeza de que o atraso tem seu motivo. Mas é possível reduzir o atraso, que é necessário para arrastar arquivos de uma janela para outra ou para um aplicativo?
Exemplo: Se você abrir duas janelas do nautilus e quiser arrastar alguns arquivos de um para o outro, você (pelo menos eu) terá que esperar um segundo para realmente mover o arquivo. Se não estou esperando nada vai acontecer. Outro exemplo seria arrastar arquivos para o VLC.
Algumas especificações: Usando um HP Pavillion dv7 1170eg. Você pode encontrar especificações detalhadas aqui . E eu estou usando o driver nvidia.