Eu não sei se o APT é capaz de usar um arquivo PAC diretamente, mas você pode (com um pouco de trabalho / compreensão) extrair as informações de proxy relevantes do próprio arquivo PAC e usar essas informações para configurar o APT Proxy HTTP.
O arquivo PAC consiste essencialmente em uma função JavaScript. A declaração return (uma ou mais) da função retorna o endereço e a porta do servidor proxy, por exemplo:
return "PROXY proxy.some.site:8080; DIRECT";
Basta olhar para o seu arquivo PAC inserindo seu endereço em um navegador. Com esta informação você pode criar um arquivo de configuração APT:
sudo gedit /etc/apt/apt.conf.d/proxy
Você deve modificar o arquivo para que ele contenha as seguintes informações:
Acquire::http::Proxy "http://proxy.some.site:8080";
Salve o arquivo e a próxima execução do apt-get deve usar a configuração de proxy configurada.
Seria bom se a APT pudesse trabalhar com arquivos PAC porque também os usamos em nossa empresa. Talvez alguém saiba se / como funciona ...
A Página Wiki do Ubuntu para o AptGet também tem algumas dicas sobre como configurar um proxy para o APT.
Veja também link